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| Año de publicación | Título | Autor(es) |
| 2002 | Análise do grau de conservação de resíduos em proteínas com estrutura 3D resolvida utilizando o SMS. | HIGA, R. H.  ; BAUDET, C.; MANCINI, A. L.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. |
| 2003 | Análise preliminar de um processo para identificação e alinhamento de seqüências homólogas para proteínas com estrutura resolvida. | HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. |
| 2002 | Apresentação gráfica de parâmetros protéicos utilizando o Java Protein Dossier. | HIGA, R. H.; BAUDET, C.; FALCAO, P. R. K.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. |
| 2006 | Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer. | NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. |
| 2002 | Cálculo de área acessível por solvente utilizando SURFV - definição de interface intramolecular pelo SMS. | HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. |
| 2003 | Cálculo de possíveis contatos atômicos internos a uma proteína ou entre proteínas no software SMS. | MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; NESHICH, G. |
| 2002 | Criação de um núcleo para a pesquisa e descrição dos serviços oferecidos na área de Bioinformática estrutural. | FALCAO, P. R. K.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. |
| 2002 | Curvatura da superfície de proteínas no Java Protein Dossier. | FALCAO, P. R. K.; BAUDET, C.; HIGA, R. H.; NESHICH, G. |
| 2002 | Determinação da estrutura e estudo da função da metalotioneína de Synechococcus com ferramentas da bioinformática. | NESHICH, G.; GUELFI, A.; MOLINA, S. M. G. |
| 2002 | Estudo da influência de seqüências polipeptídicas e de códons na determinação da estrutura secundária de proteínas. | NESHICH, G.; SIQUEIRA NETO, J. L. de |
| 2002 | Experiência de utilização de XML no SMS. | HIGA, R. H.; BAUDET, C.; FREITAS, E. M. de; SANTOS, G. F. dos; MANCINI, A. L.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. |
| 2004 | Grau de conservação de aminoácidos de proteínas: comparação entre entropia relativa e pressão evolucionária. | HIGA, R. H.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; MOURA, M. F.; FILETO, R.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. |
| 2005 | Identificando Pockets na superfície protéica usando o Java Protein Dossier - JPD. | YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. |
| 2002 | Incorporação das propriedades rotâmeros e ocupância em métodos de análise estrutural de proteínas. | FALCAO, P. R. K.; BAUDET, C.; HIGA, R. H.; NESHICH, G. |
| 2006 | Uma metodologia para seleção de parâmetros em modelos de classificação de proteínas. | OLIVEIRA, S. R. de M.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; FALCAO, P. R. K.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. |
| 2004 | Modelagem molecular da proteína small heat shock de Xylella fastidiosa. | FALCAO, P. R. K.; TADA, S. F. de S.; SOUZA, A. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; FILETO, R.; HIGA, R. H.; NESHICH, G. |
| 2002 | Primeiro curso STING Millennium Suite Chemogenomics: ferramentas para analisar estruturas macromoleculares e aplicações em chemogenomics. | FALCAO, P. R. K.; SIQUEIRA NETO, J. L. de; HERNANDEZ FERNANDEZ, J.; HIGA, R. H.; BAUDET, C.; NESHICH, G. |
| 2006 | Projeções de superfície 3D no plano para análise de interfaces proteicas através do Sting. | NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. |
| 2006 | Rotâmeros raros no Java Protein Dossier. | YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; OLIVEIRA, S. R. de M.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; MAZONI, I.; VIEIRA, F. D.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. |
| 2002 | SMSLib - biblioteca C++ do Sting Millennium Suite. | HIGA, R. H.; BAUDET, C.; MANCINI, A. L.; MATTIUZ, A. R.; FREITAS, E. M. de; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. |
