Imputação de genótipos em bovinos: um guia passo a passo.

MUDADU, M. de A.; CARVALHO, H. G. de; YOKOO, M. J. I.; CARDOSO, F. F.

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Campo DC	Valor	Idioma
dc.contributor.author	MUDADU, M. de A.	pt_BR
dc.contributor.author	CARVALHO, H. G. de	pt_BR
dc.contributor.author	YOKOO, M. J. I.	pt_BR
dc.contributor.author	CARDOSO, F. F.	pt_BR
dc.date.accessioned	2017-02-15T11:11:11Z	pt_BR
dc.date.available	2017-02-15T11:11:11Z	pt_BR
dc.date.created	2017-02-15	pt_BR
dc.date.issued	2016	pt_BR
dc.identifier.citation	Campinas: Embrapa informática Agropecuária, 2016.	pt_BR
dc.identifier.issn	1677-9274	pt_BR
dc.identifier.uri	http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1064163	pt_BR
dc.description	O programa de melhoramento genético no Brasil está implementando o uso de marcadores genéticos, um procedimento chamado seleção genômica (SG). SG consiste em genotipar uma população de referência com fenótipos conhecidos e na descoberta de marcadores genéticos associados. O efeito dos marcadores são estimados e validados de forma a tornar possível predizer os valores genéticos dos cadidatos à seleção baseado nos seus genótipos. A genotipagem de alta densidade tem custo elevado, de forma que usa-se genotipar a população de referência usando chips de alta densidade de marcadores e genotipar com menor custo os candidatos a seleção usando chips de baixa densidade de marcadores. A imputação de genótipos é então aplicada para expandir os dados de genotipagem dos candidatos, melhorando a intensidade de seleção e reduzindo custos. Nesse trabalho, três softwares de imputação, Beagle v4.1, Minimac v3 e Fimpute v2.2 foram usados para imputar genótipos de chips de baixa densidade para alta densidade, usando dados de genotipagem de 233 touros da raça Hereford e Bradford provindos da região sul do Brasil. Dados de alta densidade de genotipagem (777 mil marcadores) foram disponibilizados para todas as amostras, de forma que os dados de um chip de baixa densidade (50 mil marcadores) puderam ser obtidos e as acurácias dos softwares puderam ser medidas. Os resultados mostraram que os softwares permitiram imputar mais de 94% de todos os marcadores passíveis de imputação. A taxa de marcadores imputados corretamente variou de 86% a 94%. A performance dos softwares variou entre 26,9 a 378,1 marcadores imputados por segundo, usando uma amostra dos dados de genotipagem do cromossomo 1. De uma forma geral, todos os três softwares apresentaram boa performance e se mostraram como boas opções para a imputação de genótipos para se usar em SG	pt_BR
dc.format	il.	pt_BR
dc.language.iso	por	pt_BR
dc.relation.ispartofseries	(Embrapa informática Agropecuária. Documentos, 143).	pt_BR
dc.rights	openAccess	pt_BR
dc.subject	Genotipagem em alta densidade	pt_BR
dc.subject	Imputação de genótipos	pt_BR
dc.subject	Bioinformática	pt_BR
dc.title	Imputação de genótipos em bovinos: um guia passo a passo.	pt_BR
dc.type	Folhetos	pt_BR
dc.date.updated	2017-02-22T11:11:11Z	pt_BR
dc.subject.nalthesaurus	Genotyping	pt_BR
dc.subject.nalthesaurus	Bioinformatics	pt_BR
dc.format.extent2	31 p.	pt_BR
riaa.ainfo.id	1064163	pt_BR
riaa.ainfo.lastupdate	2017-02-22	pt_BR
dc.contributor.institution	MAURÍCIO DE ALVARENGA MUDADU, CNPTIA; HENRY GOMES DE CARVALHO, CPPSUL; MARCOS JUN ITI YOKOO, CPPSUL; FERNANDO FLORES CARDOSO, CPPSUL.	pt_BR
Aparece nas coleções:	Série Documentos (CNPTIA)

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