| Ano de publicação | Título | Autor(es) |
| 2010 | Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. | HIGA, R. H.  ; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F. |
| 2003 | Análise preliminar de um processo para identificação e alinhamento de seqüências homólogas para proteínas com estrutura resolvida. | HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. |
| 2006 | Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer. | NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. |
| 2007 | Cálculo analítico de parâmetros estruturais de proteínas usando a teoria Alpha Shapes. | BEZERRA, G. B. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos; NARCISO, M. G.; FALCAO, P. R. K. |
| 2003 | Cálculo de possíveis contatos atômicos internos a uma proteína ou entre proteínas no software SMS. | MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; NESHICH, G. |
| 2004 | Grau de conservação de aminoácidos de proteínas: comparação entre entropia relativa e pressão evolucionária. | HIGA, R. H.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; MOURA, M. F.; FILETO, R.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. |
| 2005 | Identificando Pockets na superfície protéica usando o Java Protein Dossier - JPD. | YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. |
| 2006 | Uma metodologia para seleção de parâmetros em modelos de classificação de proteínas. | OLIVEIRA, S. R. de M.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; FALCAO, P. R. K.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. |
| 2013 | Modelagem difusa para suporte à decisão na descoberta de SNPs em sequências de cDNA. | ARBEX, W. A.; SILVA, M. V. G. B.; YAMAGISHI, M. E. B.; CARVALHO, L. A. V. DE |
| 2004 | Modelagem molecular da proteína small heat shock de Xylella fastidiosa. | FALCAO, P. R. K.; TADA, S. F. de S.; SOUZA, A. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; FILETO, R.; HIGA, R. H.; NESHICH, G. |
| 2004 | Um modelo orientado a objetos para o cálculo da estimativa da área acessível a solvente. | MOURA, M. F.; HIGA, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B. |
| 2014 | Uma nova proposta para se obter Tandem Repeats em sequências genômicas. | NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B. |
| 2006 | Projeções de superfície 3D no plano para análise de interfaces proteicas através do Sting. | NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. |
| 2006 | Rotâmeros raros no Java Protein Dossier. | YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; OLIVEIRA, S. R. de M.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; MAZONI, I.; VIEIRA, F. D.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. |
